Spišská katolícka charita je samostatný právny subjekt Spišskej diecézy, konfederatívne združeným v Slovenskej katolíckej charite. Svojou činnosťou nadväzuje na činnosť Diecezálnej charity v Spišskej diecéze, ktorá bola od roku 1927 jedným z členov Ústrednej Karity na Slovensku (ÚKS). Predsedom ÚKS bol z poverenia biskupov Slovenska spišský biskup Ján Vojtaššák. Odbočiek ÚKS bolo v Spišskej diecéze 68 a ich počet narastal až na vyše 100 v päťdesiatych rokoch.
Hneď po roku 1945 začal útok na charitu z viacerých strán a nástupom komunistov k moci bola postupne likvidovaná. Oficiálne nebola počas 40 rokov zrušená, bola pod dohľadom komunistického režimu, mnohé zariadenia a služby boli zrušené, majetok zoštátnený. V roku 1990 došlo k jej vzkrieseniu k novému životu.
V roku 1991 bola obnovená činnosť charity pod názvom Slovenská katolícka charita.. V roku 1995 KBS rozhodla o vzniku diecéznych charít a delimitácii majetku a služieb na jednotlivé arcidiecézne a diecézne charity. Od 1.1.1996 teda vznikla Spišská katolícka charita ako samostatný právny subjekt. Zriadil ju spišský diecézny biskup František Tondra. V roku 2002 sa biskup Štefan Sečka stal prezidentom Slovenskej katolíckej charity a po jeho ustanovení za diecézneho biskupa aj prezidentom Spišskej katolíckej charity.