Spišská katolícka charita je samostatný právny subjekt Spišskej diecézy, konfederatívne združeným v Slovenskej katolíckej charite. Svojou činnosťou nadväzuje na činnosť Diecezálnej charity v Spišskej diecéze, ktorá bola od roku 1927 jedným z členov Ústrednej Karity na Slovensku (ÚKS). Predsedom ÚKS bol z poverenia biskupov Slovenska spišský biskup Ján Vojtaššák. Odbočiek ÚKS bolo v Spišskej diecéze 68 a ich počet narastal až na vyše 100 v päťdesiatych rokoch.
Hneď po roku 1945 začal útok na charitu z viacerých strán a nástupom komunistov k moci bola postupne likvidovaná. Oficiálne nebola počas 40 rokov zrušená, bola pod dohľadom komunistického režimu, mnohé zariadenia a služby boli zrušené, majetok zoštátnený. V roku 1990 došlo k jej vzkrieseniu k novému životu.
V roku 1991 bola obnovená činnosť charity pod názvom Slovenská katolícka charita.. V roku 1995 KBS rozhodla o vzniku diecéznych charít a delimitácii majetku a služieb na jednotlivé arcidiecézne a diecézne charity. Od 1.1.1996 teda vznikla Spišská katolícka charita ako samostatný právny subjekt. Zriadil ju spišský diecézny biskup František Tondra. V roku 2002 sa biskup Štefan Sečka stal prezidentom Slovenskej katolíckej charity a po jeho ustanovení za diecézneho biskupa aj prezidentom Spišskej katolíckej charity.
Mons. ThDr. Štefan Sečka, PhD. bol prezidentom do roku 2020. Po jeho smrti (28.10.2020) bol za prezidenta Slovenskej katolíckej charity na obdobie piatich rokov dňa 17. decembra 2020 menovaný biskup Doc. ThDr. Tomáš Galis, PhD.
Dňa 29. októbra 2020 bol členmi Kolégia konzultorov Spišskej diecézy zvolený za diecézneho administrátora sede vacante po smrti spišského diecézneho biskupa Štefana Sečku Mons. ThDr. ICLic. Ján Kuboš, PhD. Úlohou diecézneho administrátora bolo dočasne spravovať diecézu až do momentu inaugurácie nového spišského diecézneho biskupa.
Za 15. spišského diecézneho biskupa bol 8.septembra 2023 menovaný pápežom Františkom Mons. prof. František Trstenský. Biskupskú vysviacku prijal 21. októbra 2023 z rúk košického arcibiskupa a metropolitu Mons. Bernarda Bobera.
Mons. Ján Kuboš ostáva pomocným biskupom spišskej diecézy.